Thèse Génomique pour la Survie et la Santé du Lapin H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Institut National Polytechnique de Toulouse École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Laboratoire de recherche : GenPhySE- Unité Génétique, Physiologie et Systèmes d'Elevage Direction de la thèse : Julie DEMARS ORCID 0000000324510059 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-01T23:59:59 La filière cunicole française produit environ 15 millions de lapins par an, mais subit de fortes pertes économiques liées à la mortalité des jeunes : près de 20 % avant sevrage et 9 % en engraissement. Ces pertes sont dues à des troubles digestifs et respiratoires d'origine multifactorielle, ainsi qu'à la Maladie hémorragique virale (VHD), hautement létale. Malgré une baisse globale de l'usage des antibiotiques depuis 2011, l'espèce cunicole reste la plus exposée en France, avec 11 tonnes vendues en 2023. Dans un contexte de transition agroécologique et de réduction de la dépendance aux intrants médicamenteux, le renforcement de la résistance des lapins par sélection génétique apparaît comme une solution durable. Le projet vise à identifier les bases génétiques de la santé et de la survie du jeune lapin, en combinant trois axes : 1) la résistance non spécifique aux maladies post-sevrage, 2) la résistance à la VHD et 3) la qualité du lait maternel, notamment sa composition en oligosaccharides, bénéfiques pour la santé du lapereau. Les données disponibles sur une même lignée de lapins incluent des phénotypes de santé (17 000 lapins suivis), de résistance à la VHD (500 lapins), de composition du lait (120 femelles), et des données génomiques (956 reproducteurs génotypés avec la puce lapin 200K SNP et 22 fondateurs séquencés). La méthodologie repose sur : 1) l'imputation des génotypes SNP au niveau séquence à l'aide des fondateurs séquencés, 2) des analyses pangénomiques (GWAS) pour détecter les régions associées à la résistance non spécifique, à la résistance à la VHD et à la composition du lait, 3) une comparaison des résultats entre axes pour identifier des gènes ou voies biologiques communs, et 4) une analyse ciblée de la diversité génétique des gènes FUT1, FUT2 et FUT3, impliqués à la fois dans la biosynthèse des oligosaccharides et dans la sensibilité à la VHD. Ces gènes seront étudiés en mobilisant des données supplémentaires issues d'autres projets et de bases publiques, afin de caractériser leur variabilité haplotypique dans différentes lignées de lapins. Trois publications scientifiques sont envisagées : 1) sur les régions associées à la résistance non spécifique et à la VHD, 2) sur les régions liées à la composition du lait, et 3) sur les convergences génétiques identifiées et la diversité des gènes FUT. La santé et la survie des lapins constituent un enjeu socio-économique majeur pour la filière cunicole française, troisième productrice européenne avec 15 millions de lapins issus d'environ 550 élevages en 2024 (Agreste, 2025). La filière est confrontée à des pertes importantes : près de 20 % de mortalité en pré-sevrage et plus de 9 % en engraissement (Pedro et Fourdin, 2024). Ces pertes sont principalement liées à des troubles digestifs et respiratoires d'origines multifactorielles, ainsi qu'à la Maladie hémorragique virale (VHD), responsable de mortalités pouvant atteindre 90 % dans les élevages touchés. En 2021, 14 % des élevages français ont été affectés par la VHD, qui serait impliquée dans 35 % des cessations d'activité (Pignet, 2023).
En l'absence de traitement curatif contre la VHD, la prévention repose sur la biosécurité et la vaccination, souvent limitée aux reproducteurs pour des raisons économiques. Les autres maladies sont majoritairement contrôlées par antibiothérapie. Avec 11 tonnes vendues en 2023, l'espèce cunicole est la plus exposée aux antibiotiques en France, malgré une baisse globale depuis 2011 (ANSES, 2024). Cette situation soulève un double enjeu : sanitaire, via le risque d'antibiorésistance (approche One Health), et sociétal, du fait de la perception négative associée à l'usage d'antibiotiques en élevage. Dans un contexte de transition agroécologique, le renforcement de la robustesse génétique des animaux apparaît donc comme une solution durable pour réduire la dépendance aux traitements, limiter les pertes économiques et améliorer le bien-être animal.
La sélection pour la résistance non spécifique aux maladies est déjà engagée en cuniculture française, ciblant des syndromes digestifs ou infectieux globaux plutôt que des pathogènes isolés (Gunia et al., 2015). Certaines études ont identifié des polymorphismes dans des gènes candidats impliqués dans l'immunité, mais ces résultats restent à confirmer (Bovo et al., 2024). Des analyses préliminaires sur le jeu de données support de la thèse (Bouza, 2025) ont déjà mis en évidence des régions génomiques associées à la survie et à la résistance non spécifique.
Concernant la VHD, la résistance dépend notamment de la fixation virale à des glycanes 1,2 fucosylés synthétisés par des fucosyltransférases codées par les gènes SEC1, FUT1 et FUT2 (Abrantes et al., 2012; Nyström et al., 2015). Toutefois, d'autres régions génomiques pourraient être impliquées.
En pré-sevrage, la survie des lapereaux est fortement influencée par des effets maternels (Belabbas et al., 2022), notamment de qualité du lait. Dans cette thèse, nous proposons d'explorer la qualité du lait maternel et sa composition, en particulier en oligosaccharides, en lien avec le projet ANR HoloOLIGO (2021-2025). Ceux-ci jouent un rôle clé dans la régulation du microbiote intestinal et la modulation immunitaire. Leur variabilité dépend de l'activité des glycosyltransférases, en particulier des gènes FUT2 et FUT3 (Bode et Jantscher-Krenn, 2012). Si des GWAS ont été réalisés chez les bovins (Liu et al., 2019 ; Poulsen et al., 2019), les connaissances restent très limitées chez le lapin, et aucun lien n'a encore été exploré entre résistance à la VHD et composition en oligosaccharides. L'objectif de la thèse est d'identifier les variants génomiques et voies biologiques impliquées dans la résistance non spécifique aux maladies, la résistance à la maladie hémorragique virale, et la composition du lait maternel, pour contribuer à la réduction de l'utilisation des antibiotiques en élevage tout en améliorant la santé et la survie des animaux. 1. Traitement des séquences génomiques et imputation à la séquence
Le·la doctorant·e réalisera l'imputation des 956 génotypes précédemment obtenus, en s'appuyant sur les relations généalogiques et les séquences des 22 mâles fondateurs. Des logiciels d'imputation exploitant efficacement les informations du pedigree seront utilisés (Impute5, Beagle 4). La qualité des imputations sera validée en comparant les variants imputés à leur statut observé chez les fondateurs séquencés. Différentes stratégies seront testées : utilisation des seuls 22 fondateurs mâles de la lignée ou intégration de données de séquence issues d'autres populations. Après contrôle qualité et filtrage des variants en fonction de leur précision d'imputation, le jeu de données final sera utilisé pour les analyses génomiques.
2. Étude des déterminants génomiques de la résistance non spécifique aux maladies et de la résistance à la VHD
Le·la doctorant·e conduira des analyses d'association pangénomiques (GWAS, logiciel GEMMA, SuSiE https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1010299) afin d'identifier les régions du génome associées à la variabilité de la survie et à la résistance non spécifique aux maladies et à la résistance à la VHD. Cette approche devrait permettre de mettre en évidence les principales zones du génome impliquées. Des modèles linéaires mixtes, intégrant une matrice d'apparentement, seront utilisés pour contrôler la structure de la population (Zhou & Stephens, 2012).
3. Étude des régions génomiques associées à la composition du lait
Des GWAS seront également réalisés sur les différents phénotypes de composition du lait (IgA, IgG, protéines, lactose, lipides, oligosaccharides), selon les mêmes méthodes statistiques que précédemment.
4. Analyse comparative des mécanismes de santé et de survie, et étude de la diversité génétique des gènes FUT
Le·la doctorant·e comparera les résultats obtenus sur les trois axes (résistance non spécifique, résistance VHD, composition du lait) afin d'identifier des régions génomiques et des gènes communs. Les gènes localisés dans les régions détectées seront utilisés dans des analyses de réseaux et d'enrichissement, par exemple à l'aide de l'outil GeneCodis (https://genecodis.genyo.es/) pour faire émerger des fonctions biologiques candidates préférentiellement recrutées associées à la résistance non spécifique aux maladies, à la résistance à la VHD ou à la composition du lait. L'analyse comparative visera prioritairement une comparaison qualitative des signaux détectés (chevauchements de régions, gènes candidats récurrents, convergences de voies biologiques). Enfin, les résultats génomiques seront mis en perspective avec des données complémentaires produites par les équipes partenaires du projet HoloOligo, portant sur la réponse immunitaire, le microbiote intestinal et la fonction barrière de l'intestin, dans le but de proposer des mécanismes biologiques plausibles expliquant la variabilité observée. Les résultats produits lors du Projet HoloOligo serviront d'éclairage aux résultats des GWAS produits par le.la doctorant.e.
En parallèle, une attention particulière sera portée aux gènes FUT1, FUT2 et FUT3, connus pour jouer un rôle central dans la biosynthèse des oligosaccharides du lait et dans la sensibilité à la VHD. Le·la doctorant·e exploitera l'ensemble des données de génotypage et de séquençage disponibles dans plusieurs lignées pour caractériser la diversité génétique et haplotypique de ces gènes dans différentes lignées de lapins.

Le candidat devra avoir une forte appétence pour l'analyse de données et devra avoir une bonne maitrise d'un logiciel d'analyses statistiques (de type R). Une expérience en analyse de données génétiques serait un plus ainsi qu'une formation en sciences animales.