Thèse Etude du Rôle de Sélections Génétiques sur des Caractères Sociaux dans la Résilience des Ovins en Système Extensif à Fortes Contraintes H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Institut National Polytechnique de Toulouse École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Laboratoire de recherche : GenPhySE- Unité Génétique, Physiologie et Systèmes d'Elevage Direction de la thèse : Dominique HAZARD ORCID 0000000239088260 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-01T23:59:59 La résilience des animaux dans les systèmes agroécologiques dépend en partie des capacités d'adaptation comportementale face aux perturbations environnementales. L'objectif du projet de thèse est d'évaluer si des jeunes ovins génétiquement sélectionnés sur caractères sociaux présentent une meilleure capacité d'adaptation comportementale en élevage extensif. Pour cela, des données issues d'accéléromètres ont été collectées pendant une année chez 80 agnelles appartenant aux lignées divergentes sélectionnées pour la socialité ou la docilité à l'humain et élevées en conditions extensives (Unité Expérimentale La Fage). Un modèle d'Intelligence Artificielle a été développé pour assurer le suivi longitudinal individuel des principaux comportements au pâturage à partir des données d'accéléromètres. Les développements méthodologiques envisagés viseront d'abord à détecter les déviations du comportement basal en réponse aux perturbations environnementales enregistrées (épisodes de forte chaleur, de gel, attaques de prédateurs, allotement social d'animaux, etc.). Les déviations du comportement qui contribuent favorablement au bien-être animal et à la résilience en élevage plein-air intégral seront ensuite identifiées. Pour cela, le/la doctorant/e pourra combiner les données accéléromètres à des données zootechniques, sanitaires et émotionnelles qui ont été collectées tous les mois pendant l'année de mesure. L'expression des adaptations clés de la résilience sera enfin comparée entre les lignées divergentes. Ce projet de thèse évaluera le rôle du levier génétique pour sélectionner des animaux adaptés aux systèmes agroécologiques. La transition urgente des élevages vers des systèmes plus durables conduit à une revalorisation des systèmes d'élevage extensifs. Les animaux élevés dans ces systèmes sont cependant exposés à des variations non contrôlées de l'environnement, susceptibles d'altérer leur état. Le maintien de leurs performances et de leur bien-être dépend largement de leur capacité à adapter leur comportement face aux perturbations (climatiques, sanitaires, prédation, etc.). Les ovins étant une espèce grégaire, leurs aptitudes sociales jouent un rôle clé dans la mise en place de stratégies adaptatives [1]. Par ailleurs, les animaux se montrant plus dociles envers l'humain devraient avoir un moindre niveau de stress lors des interventions humaines [2]. Améliorer la socialité entre congénères et la tolérance à l'humain chez les ovins devrait ainsi favoriser la résilience des animaux à leur environnement via une meilleure adaptation comportementale. A ce propos, Hazard et al. [3] ont sélectionné des lignées génétiques divergentes pour ces caractères. Il convient désormais de phénotyper finement le comportement afin d'évaluer le rôle de ces sélections génétiques sur l'adaptabilité comportementale des ovins aux conditions extensives. Cette problématique, difficile à explorer avec les outils éthologiques traditionnels, peut désormais être revisitée grâce aux capteurs et aux technologies numériques [4]. En particulier, les capteurs accéléromètres embarqués sur des colliers, combinés à des modèles d'IA, permettent de suivre le comportement individuel en continu au pâturage ([5], [6]).
L'objectif principal est d'évaluer l'effet de sélections génétiques divergentes pour des caractères sociaux chez les ovins sur leur adaptation comportementale en milieu extensif. Les objectifs sous-jacents viseront ainsi (i) à caractériser le comportement basal dans ce système, (ii) à identifier les réponses aux perturbations environnementales, (iii) à repérer celles contribuant au maintien de l'état des animaux, (iv) et à comparer ces réponses entre lignées. Un dernier objectif consistera à (v) tester la généricité des méthodes développées aux caprins via un modèle d'infestation parasitaire. 80 agnelles de race Romane issues de la sélection génétique divergente sur traits sociaux (S+/S- : forte/faible socialité entre congénères ; H+/H- : forte/faible tolérance à l'humain) ont en été équipées de colliers accéléromètres et conduites en système extensif de juillet 2024 à aout 2025 à l'Unité Expérimentale de La Fage (UEF, Saint-Jean-et-Saint-Paul, Aveyron). Le suivi longitudinal du comportement sera réalisé à partir des données accéléromètres et du modèle de Deep Learning développé à l'UMR GenPhySE (taux de bon classement : 87% ; en cours de valorisation). Les périodes favorables et perturbations majeures seront caractérisées à partir du suivi météorologique, sanitaire, de l'état de la végétation, du ré-allotement social et des attaques de prédateurs. Les déviations du comportement basal en réponse aux perturbations seront détectées à partir d'outils statistiques et d'IA. Les déviations favorables à la résilience seront identifiées au moyen de mesures mensuelles de référence de l'état zootechnique, sanitaire et émotionnel des agnelles, collectées conjointement aux données accéléromètres. Des analyses statistiques permettront de déterminer si les animaux S+ et H+ expriment davantage de caractères comportementaux clés de la résilience. Enfin, les données accéléromètres collectées pendant 2 mois (UR ASSET) sur 30 chèvres créoles au pâturage et couplées au niveau d'infestation parasitaire seront mobilisées pour évaluer la généricité des méthodes développées.

Le candidat devra disposer d'une formation Master 2/ingénieur en sciences animales et/ou systèmes d'élevage. Des compétences solides en programmation R et/ou Python, en statistiques et/ou IA sont indispensables. Des connaissances en comportement animal, en particulier chez les ovins, seront un atout. Une appétence pour l'expérimentation animale serait appréciée si des données complémentaires devaient être recueillies. Une capacité à travailler en interdisciplinarité, avec des généticiens, éthologistes et modélisateurs, est nécessaire.