Thèse Utilisation des Outils Métabolomiques pour la Découverte de Marqueurs Phytochimiques Pertinents dans le Contrôle Qualité de Plantes Médicinales Péruviennes H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse École doctorale : SDM - SCIENCES DE LA MATIERE - Toulouse Laboratoire de recherche : PHARMA-DEV -Laboratoire Pharmacochimie et Pharmacologie pour le Développement Direction de la thèse : Valérie JULLIAN ORCID 0000000216759105 Début de la thèse : 2026-07-01 Date limite de candidature : 2026-06-30T23:59:59 Le Pérou est un pays megadivers, abritant une biodiversité riche et originale. Il abrite également de nombreuses communautés rurales et autochtones. Cette diversité en fait un pays où une médecine traditionnelle riche et variée est très utilisée par la population. Cette pratique est également très vivace dans les centres urbains, où de nombreux marchés sont consacrés à la vente de plantes médicinales, sèches ou fraiches, provenant de toutes les régions du pays. Le système de sécurité sociale péruvien EsSalud possède une branche appelée CAMEC (centre médical spécialisé en médecine complémentaire). Dans ce cadre, certaines de ces plantes sont vendues dans un réseau de pharmacie spécialisée en phytothérapie leur liste est réglementée par une directive du ministère de la santé (MINSA 2016). Le contrôle qualité demandé consiste alors en un certificat d'identification botanique, un certificat de non contamination microbiologique, ainsi que le contrôle de la teneur en métaux lourds.
Cependant, une même plante peut présenter une grande variation dans ses métabolites secondaires. Une pharmacopée officielle pour les produits à base de plante a pour rôle de définir le cadre et les protocoles permettant de contrôler les caractéristiques morphologiques et certains marqueurs chimiques caractéristiques de chaque plante. Contrairement à d'autres pays d'Amérique latine, tels que le Brésil ou le Mexique, le Pérou ne s'est pas encore doté de cet outil règlementaireL'objectif de ce travail est donc de mieux caractériser la qualité des plantes commercialisées au Pérou, du point de vue botanique et chimique afin de rédiger des monographies pouvant être incluses dans une pharmacopée officielle. L'accent sera mis sur la définition de marqueurs chimiques pertinents et la proposition de méthodes d'analyse chimique pour le contrôle qualité de ces plantes. L'originalité de ce projet tient à l'utilisation des outils de la métabolomique pour définir des marqueurs chimiques pertinents. Le système de protection sociale péruvien Essalud possède une branche promouvant l'utilisation de la phytothérapie, au travers de pharmacies spécialisées dans la délivrance de plantes médicinales. Toutefois, le Pérou n'a pas de pharmacopée spécialement dédiée à la phytotérapie, et donc pas de méthode officielle de contrôle qualité des drogues végétale. Dans ce contexte, Essalud souhaite améliorer la caractérisation et l'homologation des plantes médicinales qu'il distribue.
Pour répondre à cette attente, un projet financé par le Fondecyt (2018-2022), porté par l'UNT et le Pr. Ganoza a réuni Fitoperu (entreprise fournissant Essalud en plante), L'UNT, Pharmadev, le muséum d'histoire naturelle de Karlsruhe, et a permis la collecte et l'analyse par spectrométrie de masse (UPLC-HRMS) de 126 échantillons provenant de 10 plantes couramment utilisées par la population péruvienne. Ceci a permis d'identifier certaines incohérences dans les profils UPLC-HRMS obtenus pour certaines plantes (profil des plantes vendues par Fitoperu différent du profil de la plante collectée et identifiée par un botaniste). Ces différences étaient particulièrement importantes pour 3 espèces : La « Pasuchaca » (Geranium ayavacense,), la Valeriana (Valeriana sp.) (Ascate et al. 2020), l' « Hercampuri » (Gentianella sp.)
Notre objectif est d'utiliser les techniques de métabolomiques non ciblées pour définir des marqueurs chimiques pertinents permettant la caractérisation et le contrôle qualité des 3 plantes médicinales péruviennes préalablement identifiées En effet, les différences observées peuvent provenir de différents facteurs :
-Une variabilité inhérente à la plante, dont la composition peut varier suivant la saison, le lieu de collecte, le stade de croissance.
-Une variabilité liée aux conditions de séchage et de stockage : un séchage imparfait et/ou un stockage trop long peut conduire à la transformation de certains métabolites.
-Un problème d'identification botanique : la collecte se fait sur une espèce morphologiquement proche, mais qui n'est pas l'espèce recherchée.
La métabolomique est une méthode de traitement des données analytiques (dans notre cas, des profils obtenus par UHPL-HRMS) qui permet une approche holistique, exhaustive et sans a priori grâce aux traitements statistiques d'un grand nombre de variables. Ces traitements statistiques associées aux bases de données disponibles pour chaque genre ou espèce de plante, permettent de mettre en lumière les métabolites caractéristiques d'un lot de plante par rapport à un autre, et donc directement associés à la différence entre les lots (espèce, lieu de récolte, méthode de séchage etc ...) qui pourront être proposés comme étant des marqueurs de qualité pertinents. Cette technique, appliquée à la plante Artemisia annua, nous a déjà permis de mettre en évidence un nouvel alcaloïde issu de la transformation de l'artémisinine, le principe actif, lors du stockage de la plante (Aubouy et al. 2025, Fabre et al. 2025).

Déroulé de la thèse :
Cette thèse, financée à partir du 1er juillet 2026 par une bourse ARTS de l'IRD, se fera en alternance entre le laboratoire de contrôle qualité de plante médicinale de l'Université Nationale de Trujillo (Pérou) et l'UMR Pharmadev, IRD-Université de Toulouse, France.
Au Pérou (UNT), aura lieu un nouvel échantillonnage plus précis ciblé sur les 3 espèces, où la variation entre les lots sera rigoureusement définie. La caractérisation botanique se fera à l'herbier national de Trujillo avec la collaboration du Dr Rainer Bussmann (Museum d'histoire naturelle de Karlruhe). La préparation des extraits, l'isolement des marqueurs d'intérêt identifiés, leur caractérisation par des techniques de routine (ccm, UPLC-UV) sera fait dans le laboratoire du Pr. Ganoza ;
En France seront réalisées les analyses par UHPLC\_HRMS, l'isolement et la caractérisation des marqueurs par RMN. Le traitement des données à l'aide de techniques métabolomiques sur des logiciels libres peut être implémentés au Pérou.
Une fois les marqueurs d'intérêt identifiés, nous nous attacherons ensuite à proposer pour ces marqueurs des méthodes analytiques de détection plus simples à mettre en oeuvre et de routine dans la plupart des laboratoires d'analyse du Pérou (Chromatographie en couche fine, chromatographie liquide à détection UV), et pouvant être intégré à la fiche monographique d'une pharmacopée officielle.

Le/la candidat(e) devra être titulaire d'un Master en chimie ou équivalent. Il/elle devra posséder de solides connaissances en chimie analytique et une expérience en chimie des produits naturels. Une expérience en analyse de matrices végétales complexes par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse sera un plus.
Une forte motivation pour la recherche expérimentale associée à des qualités de rigueur, d'initiative et d'autonomie, ainsi qu'un bon esprit d'équipe, sont essentiels. Le/la candidat(e) devra être en mesure, à partir de recherches bibliographiques (SciFinder), de concevoir et de mener ses expérimentations en appliquant les bonnes pratiques de laboratoire, dans le respect des règles d'hygiène et de sécurité. Il/elle présentera ses travaux lors de réunions régulières ou de congrès et rédigera des rapports sur l'avancement de ses recherches.

• Gestion des données
• Chromatographie
• Bonnes pratiques de laboratoire
• Norme QHSE
• Autonomie
• Pro-activité
• Réalisation d'analyses chimiques
• Contrôle qualité
• Spectrométrie de masse
• Chimie