Thèse Identification de Nouveaux Déterminants Moléculaires des Cassures Double-Brin de l'Adn Induites par la Transcription. H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies Laboratoire de recherche : CRCT - Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse Direction de la thèse : Olivier SORDET ORCID 0000000160274925 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-05T23:59:59 Ce projet de thèse vise à identifier de nouveaux déterminants moléculaires impliqués dans la formation des cassures double-brin (CDB) de l'ADN lors de la transcription. Il s'agira notamment de caractériser les facteurs génétiques et épigénétiques qui favorisent ou protègent contre l'induction de ces lésions, et d'en évaluer la pertinence dans des contextes physiologiques et pathologiques, tels que dans la résistance aux thérapies anti-tumorales induisant des CDB transcriptionnelles. Les résultats attendus contribueront à mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l'origine de l'instabilité génomique liée à la transcription, ouvrant la voie à de nouvelles perspectives thérapeutiques dans les maladies associées aux CDB. Les cassures double-brin (CDB) de l'ADN constituent des lésions génomiques rares mais parmi les plus délétères pour la cellule. Leur réparation imparfaite peut engendrer des réarrangements chromosomiques, des mutations ou la mort cellulaire, et leur accumulation a été impliquée dans la pathogenèse de nombreuses maladies, notamment des syndromes neurologiques et des cancers.
La transcription, processus cellulaire fondamental, est apparue ces dernières années comme une menace majeure pour l'intégrité du génome. Des travaux de l'équipe ont démontré que la transcription peut induire des CDB via la formation de structures secondaires de l'ADN - R-loops et G-quadruplexes - ainsi que via des défauts de topologie de l'ADN (Cristini et al., Cell Rep., 2019 ; De Magis et al., PNAS, 2019 ; Cristini et al., NAR, 2016). Plus récemment, l'équipe a mis en évidence l'induction de ces cassures dans un syndrome neurodégénératif (Geraud et al., Cell Rep., 2024), suggérant un rôle pathologique des CDB transcriptionnelles encore largement inexploré.
Le projet mobilisera un ensemble de techniques de pointe en biologie cellulaire et moléculaire :
- Screen de CRISPR-Cas9 pour la manipulation génique ciblée
- ARN interférence (siRNA) pour l'invalidation fonctionnelle de gènes candidats
- Microscopie à fluorescence haut-débit pour la quantification des CDB à l'échelle cellulaire
- Analyse génomique par séquençage à haut débit
- Techniques classiques de biologie cellulaire et moléculaire (culture cellulaire, Western blot, immunofluorescence, clonage, etc.)

Le ou la candidat(e) devra faire preuve de rigueur expérimentale, d'autonomie et d'un intérêt marqué pour la biologie de l'ADN et de la réparation génomique. Une expérience préalable en biologie cellulaire sera appréciée.

• Clonage