Thèse Étude du Rôle des Microprotéines dans le Système Ubiquitine Protéasome H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies Laboratoire de recherche : IPBS - Institut de Pharmacologie et Biologie Structurale Direction de la thèse : Marie-Pierre BOUSQUET ORCID 0000000326808932 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-31T23:59:59 Le système ubiquitine protéasome (UPS) est, avec l'autophagie, une des voies majeures de dégradation des protéines intra-cellulaires. L'ubiquitination est une modification post-traductionnelle majeure chez les eucaryotes et est impliquée dans la plupart des processus cellulaires. L'ubiquitination est un procédé basé sur l'addition d'une ou plusieurs ubiquitines sur une protéine via une liaison covalente. Ce processus est médié par trois enzyme, l'enzyme d'activation de l'ubiquitine (E1), l'enzyme de conjugaison de l'ubiquitine (E2) et l'ubiquitine ligase (E3) qui lie l'ubiquitine. L'ubiquitination est un procédé réversible via les deubiquitinases (DUBs). La fonction la plus connue de l'ubiquitination est l'adressage de la protéine ubiquitinée au protéasome 26S pour sa dégradation, mais l'ubiquitination peut être impliquées dans une multitude d'autres processus biologiques. Le système ubiquitine protéasome étant régulateur de nombreux processus cellulaires, son dysfonctionnement est lié à des pathologies telles que les cancers ou les maladies neurodégénératives. Ainsi, plusieurs de ses composants sont des cibles thérapeutiques dans ces pathologies ou sont utilisés pour le développement de nouvelles drogues.
Récemment, un nouveau réservoir de biomolécules a émergé en biologie : les microprotéines. Leur découverte est liée à des avancées technologiques récentes telles que le ribosome profiling. Les microprotéines sont des petites protéines non annotées car ne correspondant pas aux critères d'annotations des génomes. Elles sont codées par des petits cadres de lectures ouverts d'une taille inférieure à 100 codons. Du fait de leur petite taille et de leur faible abondance, l'identification des microprotéines est particulièrement complexe. L'équipe d'accueil développe des approches de spectrométrie de masse permettant l'identification claire de microprotéines dans un échantillon. Les microprotéines connues et caractérisées à ce jour ont souvent un rôle dans des processus cellulaires clefs. Cependant, il n'existe actuellement aucunes données sur les mécanismes régulant leur dégradation. De plus, quelques-unes d'entre elles ont déjà été caractérisées pour être impliquées dans l'UPS. Notamment, une en tant que protéine Ubiquitine-like, et une autre régulant l'ubiquitination spécifique d'un substrat. Les microprotéines peuvent donc se révéler être de nouvelles clefs pour enrichir nos connaissances sur l'UPS, en plus de pouvoir approfondir notre compréhension sur sa régulation et de découvrir de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles.
Le but du projet de thèse proposé est d'identifier de manière exhaustive les microprotéines impliquées dans l'UPS, caractériser leurs fonctions, ainsi que d'étudier les mécanismes impliqués dans leur dégradation.
Le projet de thèse sera articulé autour de deux axes :
- L'identification et la caractérisation exhaustive de microprotéines en interaction avec le système ubiquitine (E3s, DUBs, chaînes d'ubiquitine...).
- L'étude des microprotéines en tant que nouveaux régulateurs ou substrats du protéasome.
- -Culture de lignées cellulaires humaines immortalisées ou cancéreuses
-Biochimie des protéines (western-blot, immunoprecipitation, ...)
-Préparation d'échantillons et analyse par spectrométrie de masse
-Analyse bioinformatique des données

Solides connaissances pratiques et théoriques en biochimie.
Expérience acquise lors de stages précédents dans différents laboratoires.