Thèse Contribution à une Approche « une Seule Santé » par la Détection Virale Environnementale Preuve de Concept Basée sur l'Épidémiologie des Virus Influenza Aviaires. H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Laboratoire de recherche : IHAP - Laboratoire Interactions Hôtes-Agents Pathogènes Direction de la thèse : Sébastien SOUBIES ORCID 0000000330653558 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-01T23:59:59 Les VIAHP H5Nx du lignage Goose/Guandong (Gs/Gd), causent depuis quasi trente ans des dommages importants chez les oiseaux sauvages et domestiques. L'importance de l'élevage de palmipèdes en France rend ce pays particulièrement sensible aux épizooties, avec des dizaines de millions d'oiseaux d'élevages morts ou abattus ces cinq dernières années et la mise en place de la vaccination anti influenza H5 des palmipèdes d'élevage. Dans ce contexte, la détection et le suivi des VIA est indispensable. Le projet doctoral proposé s'inscrit dans le contexte de recherche déjà actif de l'UMR IHAP sur la thématique (PEPR PREZODE ZOO-FLU et projet OBEPINE+), et a pour objectif d'appliquer des stratégies de détection virale environnementales au suivi de la circulation et à la caractérisation des VIA dans les compartiments aviaires sauvages et d'élevage. Deux matrices seront ciblées : i) les effluents d'élevages de palmipèdes et ii) les eaux de surface accueillant des oiseaux sauvages. Les approches de biologie moléculaire, séquençage haut débit et analyses phylogénétiques employées permettront i) d'optimiser la détection et le génotypage fin des VIA présents dans ces matrices, ii) de suivre quantitativement et qualitativement dans le temps les VIA présents dans les compartiments aviaires sauvages et domestiques et iii) d'analyser les flux génétiques entre ces compartiments. In fine ce projet contribuera à une meilleure compréhension de l'écologie des VIA et à leur contrôle. Les virus influenza aviaires (VIA) sont des virus enveloppés, membres de la famille des Orthomyxoviridae, à génome ARN négatif composé de huit segments. La nature de ce génome viral démultiplie les possibilités d'évolution des VIA par mutations ponctuelles mais aussi par réassortiment viral en cas de co-infection d'une cellule par deux virus génétiquement distincts. Ces virus existent de plus sous des formes faiblement et hautement pathogènes (VIAFP et VIAHP, respectivement), suivant la séquence de l'hémagglutinine virale, une des deux glycoprotéines présentes en surface des virions (1). Les VIAFP sont hébergés de façon asymptomatique par les palmipèdes, qu'ils soient sauvages ou d'élevage. Les VIAHP, en particulier les H5Nx du lignage Goose/Guandong (Gs/Gd), causent depuis quasi trente ans des dommages importants chez les oiseaux sauvages et domestiques (y compris les palmipèdes) (2). L'expansion récente et sans précédent des virus Gs/Gd de clade 2.3.4.4.b a de plus été associée à des infections de mammifères, renforçant le risque de contamination de l'homme (risque zoonotique) voire de transmission inter-humaine. Le développement particulier de l'élevage de palmipèdes en France rend ce pays particulièrement sensible aux épizooties, ce qui s'est traduit par des dizaines de millions d'oiseaux d'élevages morts ou abattus ces cinq dernières années. Cette situation a motivé la mise en place, dès septembre 2023, de la vaccination anti influenza H5 des palmipèdes d'élevage, faisant de la France un terrain unique en Europe pour la gestion de cette maladie. Cette vaccination a permis de réduire de manière conséquente les cas d'IAHP en élevage ces deux dernières années mais pourrait créer une pression évolutive pouvant mener à la sélection de virus non contrôlés par les vaccins actuels. Ce contexte rend la détection et le suivi de la circulation des VIA présents sur le terrain, qu'ils soient HP ou FP, indispensables. Dans cette perspective, les approches environnementales ont suscité ces dernières années un intérêt croissant, comme illustré durant la pandémie de SARS-CoV2 par le suivi des eaux usées (3). Ces approches permettent en effet un suivi épidémiologique quantitatif de la présence d'un virus dans une population tout en étant bien moins onéreuses et invasives mais aussi parfois plus précoces que les approches basées sur les tests individuels. L'équipe d'accueil, en pointe dans le domaine des approches de détection environnementale dans le contexte de la virologie vétérinaire (4-6), se propose d'appliquer cette stratégie au suivi des VIA présents dans chez les oiseaux sauvages et d'élevage. Cette stratégie sera appliquée à deux matrices reflétant chacune la dynamique virale d'un compartiment donné :
- les effluents d'élevages de palmipèdes en gavage, pour lesquels la méthodologie d'analyse et de séquençage est déjà définie, avec des premiers résultats déjà obtenus.
- les eaux de surface (lacs, marais, étangs) accueillant des oiseaux sauvages, pour lesquelles les méthodologies sont en cours d'optimisation et où la sélection des sites d'étude est en cours.
L'objectif général de la thèse est d'appliquer des stratégies de détection virale environnementales au suivi de la circulation et à la caractérisation des VIA présents dans les compartiments aviaires sauvages et d'élevage. En particulier, le projet doctoral a pour objectifs, en travaillant à partir de matrices liquides environnementales (eaux d'étangs ou lacs accueillant de l'avifaune sauvage, effluents d'élevages de palmipèdes) :
- L'optimisation de la détection moléculaire et du séquençage par approches haut débit des virus influenza aviaires (VIA) présents dans les compartiments sauvages et domestiques.
- La mise en place d'un suivi temporel quantitatif des VIA présents dans ces compartiments.
- L'analyse des flux génétiques, en termes de génomes viraux ou de segments viraux, entre ces compartiments.
- Méthodes pré-analytiques de concentration des particules virales : hémoconcentration, ultrafiltration frontale ou tangentielle.
- Méthodes de virologie classique : isolement viral, titrage viral.
- Méthodes de biologie moléculaire : RT-PCR temps-réel, PCR digitale.
- Méthodes de séquençage haut-débit (technologie long reads d'Oxford Nanopore).
- Méthodes d'analyses phylogénétiques des données de séquences générées.

Les candidats doivent être titulaires d'un master, idéalement en biologie cellulaire, en microbiologie, en virologie ou dans un domaine équivalent. Une expérience de travail en biologie moléculaire serait un plus. Des compétences en bio-informatique (alignement et analyse de séquence) et en statistique sont fortement souhaitées.
Un enthousiasme pour les maladies infectieuses, la santé animale et le travail en équipe et interdisciplinaire est souhaitable.