Thèse Rôle des Arn Circulaires Codants dans la Production de Néoantigènes et l'Immunogénicité du Lymphome Anaplasique à Grandes Cellules Alk+ H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse
École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies
Laboratoire de recherche : CRCT - Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse
Direction de la thèse : Fabienne MEGGETTO-PRADELLE ORCID 0000000226100144
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-30T23:59:59

Les ARN circulaires (circARN) ont longtemps été considérés comme des molécules non codantes, impliquées dans la régulation post-transcriptionnelle via leur rôle d'éponges à microARN. Des travaux récents remettent en question cette vision en démontrant que certains circARN possèdent un potentiel codant, grâce à la présence d'ORFs et d'éléments favorisant la traduction indépendamment de la coiffe 5'. Cette capacité à produire des peptides ouvre un champ d'investigation majeur en cancérologie, notamment dans le contexte de la génération de néoantigènes tumoraux.
Le lymphome anaplasique à grandes cellules ALK positif (ALCL ALK+) est caractérisé par l'expression de la protéine de fusion NPM-ALK, qui active de multiples voies oncogéniques, dont STAT3, entraînant une reprogrammation transcriptionnelle profonde. Bien que ces lymphomes soient initialement sensibles à la chimiothérapie et aux inhibiteurs de la tyrosine kinase de ALK tel que le crizotinib, des mécanismes de résistance persistent à ces stratégies thérapeutiques, suggérant l'existence de processus moléculaires encore mal compris. Dans ce contexte, notre équipe qui procède une forte expertise sur les ARN non codants, a généré des données RNAseq à partir de biopsies primaires et identifié plusieurs circARN dont l'expression est augmentée chez les patients résistants aux thérapies, 3 contribuent directement à la résistance thérapeutique. Ces circARN pourraient également représenter une source inexplorée de peptides tumoraux, susceptibles d'être présentés par le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) et d'induire une réponse immunitaire.
Nous postulons que certains circARN exprimés dans les cellules ALK+ ALCL sont traduits en peptides néoantigéniques capables de contribuer à l'immunogénicité tumorale et d'influencer la réponse aux thérapies ciblées et immunitaires.
Pour cela nos objectifs sont :
1.Décryptage des mécanismes de la résistance thérapeutique des ALCL ALK+. Elissa Andraos, thèse de doctorat, https://utheme.utoulouse.fr/s/fr/item/44361
2.Identifier et caractériser les circARN exprimés spécifiquement dans les cellules ALCL ALK+ présentant un potentiel codant.
3.Explorer le rôle de ces circARN codants dans la résistance thérapeutique.
4.Démontrer la traduction effective de ces circARN en peptides à l'aide d'approches de polysome profiling et de protéomique (LC-MS/MS).
5.Identifier les peptides dérivés de circARN présentés par le CMH de classe I et évaluer leur potentiel antigénique.
6.Étudier l'impact fonctionnel de ces peptides sur la réponse immunitaire antitumorale (activation des lymphocytes T).
A l'aide de lignées cellulaires et de PDX sensibles/parentales ou résistantes à la chimiothérapie ou au crizotinib, le projet combinera des approches de transcriptomique (RNA-seq enrichi en circARN), de bioinformatique pour la prédiction d'ORFs et d'épitope binding, ainsi que des techniques de polysome profiling pour identifier les circARN traduits. Des analyses protéomiques ciblées permettront d'identifier les peptides produits. L'immunopeptidomique sera utilisée pour caractériser les peptides présentés par le CMH. Des modèles cellulaires ALK+ seront manipulés (CRISPR/Cas13, knockdown ciblé des circARN d'intérêt) afin d'évaluer l'impact fonctionnel des circARN candidats. Enfin, des co-cultures avec des lymphocytes T permettront d'analyser la réponse immunitaire induite.
Ce projet vise à révéler une nouvelle dimension fonctionnelle des circARN dans le cancer, en les positionnant comme sources d'antigènes. Il pourrait conduire à l'identification de biomarqueurs innovants et de nouvelles cibles thérapeutiques, notamment dans le développement d'approches immunothérapeutiques personnalisées pour les patients atteints de lymphome ALK+. Plus largement, cette étude contribuera à une meilleure compréhension des mécanismes de résistance aux thérapies ciblées et du dialogue entre tumeur et système immunitaire.

Les ALCL ALK+ sont caractérisés par la protéine de fusion NPM-ALK, activant des voies oncogéniques dont STAT3, et entraînant une reprogrammation transcriptionnelle profonde. Bien que sensibles à la chimiothérapie et aux inhibiteurs d'ALK comme le crizotinib, des mécanismes de résistance persistent. Les circARN, auparavant considérés comme non codants, peuvent en réalité produire des peptides antigéniques susceptibles de moduler la réponse immunitaire, constituant ainsi une source inexplorée de biomarqueurs et de cibles thérapeutiques.

1.Identifier et caractériser les circARN exprimés spécifiquement dans les cellules ALK+ ALCL présentant un potentiel codant.
2.Explorer le rôle de ces circARN codants dans la résistance aux thérapies ciblées dirigées contre l'activité tyrosine kinase de ALK (ex. crizotinib) et à la chimiothérapie.
3.Démontrer la traduction effective de ces circARN en peptides via polysome profiling et protéomique (LC-MS/MS).
4.Identifier les peptides dérivés de circARN présentés par le CMH de classe I et évaluer leur potentiel antigénique.
5.Étudier l'impact fonctionnel de ces peptides sur l'activation des lymphocytes T et la réponse immunitaire antitumorale.

-Transcriptomique : RNA-seq enrichi en circARN sur lignées et PDX humains ALCL. ALK+
-Manipulation génétique des modèles cellulaires (CRISPR/Cas13, knockdown ciblé) pour évaluer le rôle des circARN candidats comme impliqués dans la résistance thérapeutique
-Bioinformatique : prédiction d'ORFs et d'épitope binding.
-Polysome profiling pour détecter les circARN traduits.
-Protéomique ciblée (LC-MS/MS) pour identifier les peptides produits.
-Immunopeptidomique pour caractériser les peptides présentés par le CMH.
-Co-cultures avec lymphocytes T pour analyser la réponse immunitaire antitumorale.

-Master 2 biologie moléculaire ou immunologie.
-Connaissance des ARN non codants, en particulier des ARN circulaires et de leur rôle fonctionnel en cancérologie.
-Compétences en immunologie.
-Compétences expérimentales : manipulation de lignées cellulaires humaines en suspension, de préférence hématologiques ; techniques d'études des ARN et des protéines, maîtrise des outils de manipulation génétique de knockdown ciblé, co-cultures avec lymphocytes T et analyse de la réponse immunitaire,
- Qualités personnelles : rigueur expérimentale et scientifique. Capacité à travailler de manière autonome et en équipe multidisciplinaire. Bonnes capacités de communication écrite et orale, pour publications et présentations scientifiques. Intérêt pour la recherche translationnelle et l'immuno-oncologie.