Thèse Etudes des Pan et Méta Génomes dans les Populations Humaines de Madagascar H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse
École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies
Laboratoire de recherche : EvolSan - Evolution et Santé Orale
Direction de la thèse : Denis PIERRON ORCID 0000000313836774
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-01T23:59:59

Distante de l'Afrique de seulement 400 km, la population de Madagascar est le résultat exceptionnel d'un mélange ancien et profond de populations asiatiques et africaines. En effet, dès le XVIe siècle, on a remarqué que la langue parlée à Madagascar était proche des langues parlées en Indonésie. Plus récemment, des études linguistiques, ethnographiques et génétiques ont confirmé le profond mélange d'influences africaines et asiatiques. Madagascar est un territoire où des patrimoines génétiques aussi éloignés que ceux de l'Afrique et de l'Indonésie se sont rencontrés et mélangés au cours des 1000 dernières années. Ce projet vise à étudier les schémas d'implantation humaine à Madagascar et les phénomènes de sélection sous-jacents grâce à l'analyse de données génomiques.
Notre objectif est de comprendre la géographie et l'histoire de la diversité génétique des populations humaines à Madagascar. L'utilisation de la combinaison du séquençage superficiel et du WGS (>30x) nous permettra de fournir des données génétiques non biaisées et de :
> Combler le manque de données de séquences génomiques concernant les populations malgaches et plus généralement les populations africaines.
> Comprendre l'histoire du peuplement de Madagascar qui est encore inconnue.
> Connaître les relations génétiques entre les villages de Madagascar et les routes migratoires.
> Identifier les adaptations génétiques des populations malgaches à l'environnement et au brassage génétique.
> Identifier les introgressions présentes à Madagascar à partir de Neandertal Denisova, et des 'fantômes humains archaïques' identifiés dans diverses populations.

Des données génétiques de plus de 2000 individus venant de 250 villages a Madagascar ont été générés grace au cumul de financement européen et nationaux. Devant la masse de données exceptionel généré nous proposons un sujet a très fort potentiel en terme d'apprentisage et de publication pour le doctorant.
Le doctorant sera dans une équipe de taille humaine (10 personnes) avec des background très différents.

Génétique des populations OU Anthropologie OU bio-informatique OU informatique