Thèse Phylogénomiques des Virus Anciens H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Institut National Polytechnique de Toulouse
École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries
Laboratoire de recherche : IHAP - Laboratoire Interactions Hôtes-Agents Pathogènes
Direction de la thèse : Claire GUINAT ORCID 0000000282459290
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59

L'émergence de maladies infectieuses a connu une augmentation de sa fréquence ces dernières décennies, un phénomène attribué aux changements sociodémographiques et environnementaux mondiaux contemporains. Cependant, des transformations majeures de la mobilité humaine, des modes de vie et des technologies, associées à des répercussions considérables sur les écosystèmes planétaires, se sont produites depuis la préhistoire. Les progrès récents en paléogénétique offrent des perspectives prometteuses pour mesurer l'impact de ces dynamiques sur l'épidémiologie et l'évolution des pathogènes dans le passé, en permettant l'identification et la caractérisation génomique de divers agents pathogènes à partir de vestiges archéologiques. Le projet ERC-StG EpidemioCene exploitera les données d'ADN ancien issues de vastes cohortes d'individus anciens pour mener des études paléoépidémiologiques et phylogénomiques à grande échelle. Dans ce contexte, ce projet de doctorat se concentrera sur l'analyse des génomes viraux à ADN ancien afin de reconstituer la dynamique et l'évolution virales passées en lien avec les migrations humaines et les changements socio-environnementaux survenus durant l'Holocène.

The frequency of infectious disease emergence has increased over the last few decades, a phenomenon attributed to modern global sociodemographic and environmental changes. However, major transformations of human mobility, lifestyles and technologies associated with large-scale repercussions on the planet's ecosystems have occurred since prehistory. Recent advances in the field of paleogenetics have opened promising perspectives to measure the impact of these dynamics on the epidemiology and evolution of pathogens in the past, by allowing the identification and genomic characterisation of various disease-causing agents from archaeological remains. The ERC-StG EpidemioCene project will leverage ancient DNA data generated from massive cohorts of ancient individuals to undertake large-scale paleoepidemiological and phylogenomic investigations.

In this context, this PhD project will focus on the analysis of ancient DNA virus genomes to reconstruct past viral dynamics and evolution in relation to human migrations and socio-environmental changes throughout the Holocene.

Your mission will be to assemble and analyse large sets of ancient viral genomes using phylogenomic approaches. More specifically, you will perform the bioinformatic reconstruction of ancient viral sequences obtained from the sequencing of ancient human remains from diverse locations across the world and spanning the last ~12,000 years. You will focus on DNA viruses such as hepatitis B virus, parvovirus B19, variola virus or herpesviruses. You will employ phylogenetic analyses to reconstruct and date the evolutionary relationships of ancient and modern viral diversity. If applicable, you will employ phylogeographic and phylodynamic approaches to formally estimate past migration and epidemiological dynamics from the phylogenetic reconstruction. You will also employ gene content and selection analyses to identify evolutionary changes related to, e.g. virulence and host adaptation across time and viral lineages. Overall, this will allow you to trace geographical spread, transmission dynamics and genomic adaptations of these viruses in relation to human migrations and socio-environmental changes on large time scales. You will be in charge of interpreting and disseminating the results of your research through the publication of scientific articles and presentations at international conferences.

Les candidats doivent être titulaires d'un master en biologie évolutive, en épidémiologie ou dans un domaine connexe, ou être sur le point de l'obtenir. Une expérience en bioinformatique et un intérêt particulier pour l'épidémiologie moléculaire et l'évolution virale sont attendus. Une expérience en phylogénétique computationnelle serait un atout. Ce poste s'adresse aux étudiants passionnés par l'étude de la (pré)histoire et de l'évolution des pathogènes à partir de données d'ADN ancien, mais aucune expérience spécifique dans ce domaine n'est requise. L'expérience en laboratoire n'est pas non plus exigée, mais une bonne compréhension des principes fondamentaux de la biologie moléculaire serait appréciée. Les candidats doivent maîtriser l'anglais et avoir une forte motivation pour le travail d'équipe dans un contexte international. La maîtrise du français n'est pas requise.

=> Comment postuler
Veuillez envoyer un seul document PDF contenant une lettre de motivation (2 pages maximum), un CV, une preuve de votre dernier diplôme et jusqu'à deux lettres de recommandation avec les coordonnées des personnes référentes.
Par courriel : ****@****.**
Date limite de candidature : 7 mai 2026