Ingénieur·e Recherche Analyse de Donnees Bio-Informatique H/F - 31

MISSION PRINCIPALE : L'ingénieur.e de recherche sera en charge de l'activité du plateau de Bio-informatique.
La personne recrutée aura pour mission principale d'analyser les données issues des technologies de séquençage NGS (RNAseq cellules uniques ou bulk), du démultiplexage aux analyses et visualisation des résultats. La prise en charge et l'analyse d'autres types de données (microarray, methylome, séquençage Long Read, technologie Olink.) sont demandées plus ponctuellement.
Elle pourra accompagner les utilisateurs dans l'utilisation des logiciels.

ACTIVITES PRINCIPALES :
Réaliser et/ou encadrer la réalisation des analyses bioinformatiques du séquençage de nouvelle génération (NGS) principalement pour caractériser les profils génomiques et d'expression génique des cellules
Concevoir et implémenter de nouveaux pipelines et/ou méthodes pour l'acquisition et le traitement des données (RNA-seq, DNA-seq, Single-Cell)
Conseiller les utilisateurs sur les possibilités et limites des outilsl disponibles Communiquer les résultats dans des rapports scientifiques, des séminaires et participer à la rédaction des articles scientifiques
Participer à des réseaux professionnels d'échange de compétences
Appliquer et faire appliquer les bonnes pratiques en matière de développement logiciel, d'usage des ressources informatiques et de gestion de la donnée
Gérer l'activité administrative et financière du plateau de bio informatique dans un contexte de certification ISO 9001 et NFX 50-900

CONNAISSANCES : Connaissances solides de la biologie et des techniques de biologie moléculaire, génomique, transcriptomique Connaissances solides en bioinformatique Connaissances approfondies du Logiciel R et des langages de programmation communément utilisés en bioinformatique (Python, Perl, .) Maîtrise des logiciels et méthodes statistiques couramment utilisés pour l'analyse des données NGS (Cellranger, DESeq2, Seurat, minfi, analyse d'enrichissement.) Connaissance des principales bases de données biomédicales utilisées en oncologie (NCBI, TCGA, EBI, KEGG, BROAD etc .) Maîtrise de l'anglais technique a minima Maitrise de l'environnement de travail Linux et sur un cluster de calcul distant

SPECIFICITE: Travail en plateforme, multiplicité des projets

EXPERIENCE DANS LE DOMAINE REQUISE + Bac +5 MINIMUM

AVANTAGES :
32 jours de Congés Annuels et 13 jours de RTT
Restauration collective subventionnée sur place
Comité d'action et entraide sociale (prestations sociales, culturelles, sportives)
Transports publics remboursés à 75%